日据时代拆除大士殿进行整修时，发现原普罗民遮城的城门，接着又挖掘出东北角的堡垒残迹，因此将其改成历史馆，战后多次进行修缮，民国七十二年由内政部门宣布为一级古迹。赤崁楼在台湾开拓史上的地位，已无可置疑，它曾经是全台湾的号令中心，见证过东方与西方文明的碰撞，以及政权的更迭，它的一砖一瓦，都有说不完的故事。